Toda persona tiene derecho a la libertad de pensamiento, de conciencia y de religión; este derecho incluye la libertad de cambiar de religión o de creencia, así como la libertad de manifestar su religión o su creencia, individual y colectivamente, tanto en público como en privado, por la enseñanza, la práctica, el culto y la observancia.

La constitución política de Colombia incorporó este derecho en los artículos 18, 19 y 20 los cuales garantizan respectivamente la libertad de conciencia, la libertad de culto y la liberta de toda persona a expresar sus pensamientos y opiniones. El derecho de libertad de conciencia es un derecho fundamental de aplicación inmediata, este lo tiene toda persona para actuar de acuerdo a sus propios parámetros de conducta sin que le puedan imponer actuaciones que estén contra de su razón.

Un ejemplo de este derecho es la legítima objeción de conciencia de tantos jóvenes que se resisten al servicio militar obligatorio por sus convicciones pacíficas y antimilitaristas. La libertad religiosa es simultáneamente un permiso y prerrogativa, como permiso significa que el hombre y la mujer no pueden ser obligados a actuar contra su creer y sentir, como prerrogativa que nadie puede imponerle obrar de acuerdo con sus creencia y sentimientos siempre y cuando este derecho se ajuste a los límites constitucionales y legales.

Este debate lo hemos visto en casos en los cuales la corte ha decidido acerca de la obligatoriedad de la institución de respetar la neutralidad, entonces el Estado colombiano, como un Estado laico no puede imponer medidas legislativas u otro tipo de reglas que prevean tratamientos más favorables o perjudiciales a un credo particular basados en el hecho determínate de la práctica o rechazo a ese culto religioso, por ende todas estas medidas que involucran un trato específico para una institución religiosa dependerá de que en ella se pueda identificar un criterio predominantemente secular que la sustente o justifique.