El 18 de abril de 1998, antes del medio día, en su apartamento, lugar habitado por la búsqueda insaciable de la justicia, espacio pequeño que albergó grandes ideales, ingresaron, con su rostro encubriendo la falsedad, la mentira y la muerte. Sus victimarios, lo engañaron, como lo hicieron los jueces militares en los tribunales o los fiscales cuando obraron contra las normas y las leyes que rigen el Derecho.
Los mercaderes del crimen intentaron llevárselo a la fuerza, pero él se negó, se les enfrentó y por eso tuvieron que dispararle. Desde ese día cesaron las humaredas de cigarrillo para apaciguar la ansiedad, las que se difuminaban entre los cuartos donde los perseguidos encontraban esperanzas, donde las víctimas de Crímenes de Estado encontraban una mano amiga, en ese recinto que era su hogar, que era su oficina, cayó sin hacer concesiones a los cabalgantes de la muerte.
En una audiencia realizada en abril 2009, el jefe paramilitar Salvatore Mancuso reconoció que el asesinato de Eduardo Umaña Mendoza había sido planeado por algunos cabecillas de las autodefensas, entre ellos, Carlos Castaño.
Nunca quedó claro si lo habían matado por defender a las víctimas del genocidio de la Unión Patriótica, o a los sindicalistas de Telecom, la ETB y la USO, o por buscar que la desaparición forzada fuera tipificada como delito en Colombia. O por el caso del Palacio de justicia.
Su asesinato continúa en la impunidad es cuestión de tiempo para que la verdad se conozca, aunque esa verdad no sea judicializada, poco se puede esperar de un sistema judicial, hecho a la medida del poder que usa el fuero militar, y hace reformas a la justicia para continuar sembrando de olvido e impunidad sus actos macabros y cobardes.
Un mes antes había sido asesinado en Medellín Jesús María Valle, gran defensor de Derechos Humanos, presidente del Comité de Derechos Humanos de Antioquia; Las balas también silenciaron a Jesús María , principal defensor de los derechos humanos en Antioquia. Dos hombres y una mujer le dispararon en la cabeza en su oficina de Medellín, el 27 de febrero de 1998.
Eduardo Umaña Mendoza, maestro, abogado y defensor de derechos humanos abanderó y llevó el proceso de los desaparecidos del Palacio de justicia desde 1985, constantemente, sostuvo que el Ejército capturó civiles en el Palacio de Justicia, los interrogó, los torturó y los desapareció, sin verificar si eran o no culpables.
Dedico gran parte de su vida a la defensa de los familiares de las víctimas del genocidio contra la Unión Patriótica (UP) y el Partido Comunista Colombiano; Hacía parte de un grupo dedicado a realizar el estudio jurídico del asesinato de Jorge Eliécer Gaitán, ocurrido el 9 de abril de 1948. Episodio relatado en un expediente de más de 20.000 folios. Decía Umaña: “Lo más grave en el caso Gaitán no es lo jurídico sino lo político. No es la historia sino la memoria histórica del país”. Y es que pensaba que ningún crimen debía quedar impune. “Colombia es un país donde todo pasa y nada pasa”, solía comentar a sus amigos.