De acuerdo a las consideraciones del despacho, “los sindicados no se encuentran incursos en el delito de falsa denuncia contra persona determinada y su conducta es manifiestamente atípica respecto a este ilícito, en razón a que de manera alguna formularon ante autoridad competente y bajo la gravedad del juramento denuncia alguna contra el Teniente Coronel Néstor Iván Duque López, porque como se infiere de la misma denuncia, lo que hicieron los sindicados fue elevar quejas ante organismos internacionales de Derechos Humanos”.
En marzo de 2004, tras las detenciones arbitrarias de algunos campesinos y líderes de la Comunidad de Paz de San José de Apartadó, los defensores de Derechos Humanos Javier Giraldo, Elkin Ramírez y Miguel Ángel Afanador presentaron ante la Presidencia de la República y la Corte Interamericana de Derechos Humanos (CoIDH), instancia que había dispuesto medidas especiales de protección en favor de esta comunidad, información que daba cuenta de graves irregularidades cometidas por personal del Batallón de Ingenieros Carlos Bejarano Muñoz, de la Brigada XVII del Ejército, con sede en Carepa.
Las víctimas de estas detenciones arbitrarias denunciaron una serie de agresiones y amenazas cometidas por el Comandante de este Batallón, Coronel Néstor Iván Duque López.
En septiembre de 2005, el Coronel Duque formuló una denuncia contra los tres defensores de Derechos Humanos por los delitos de injuria, calumnia y falsa denuncia, motivada en la información presentada ante la CoIDH, conllevando al inicio de una investigación que nuevamente vuelve a cerrarse, puesto que la intención de la queja levantada por los denunciados era informar a las autoridades políticas y a los organismos nacionales e internacionales de Derechos Humanos, la participación de uniformados en varios delitos ocurridos en el Urabá antioqueño.
La preclusión de la investigación también fue motivada por la confesión de uno de los testigos, quien admitió haber sido torturado y presionado por el Coronel Duque para declarar en contra de la Comunidad de Paz y del abogado Elkin Ramírez.
